TMT试剂标签之间的质量差额在0.006Da左右，需要质谱?级分辨率在50K以上才能准确分辨出不同的报告离?，因此只有在?分辨质谱仪上才能完成标记定量实验。主流仪器有Thermo fisher QE系列质谱仪、fusion系列质谱仪、AB sciex QTOF系列质谱仪。
通过不同分?量的实际对不同来源样品进?标记的?式，实现不同样品间蛋?质组?较的?标，两种?法都?次性完成（iTRAQ 8个/TMT 16个）全部样品的定性定量分析，降低了实验误差，排除仪器造成的样本间差异，稳定性更?，操作简单，数据分析流程简单，适?于所有物种蛋?的定量分析。
TMT（Tandem Mass Tag）和iTRAQ(isobaric tags for relative and absolute quantitation)技术分别是由美国Thermo公司和AB SCIEX公司研发的多肽体外标记定量技术，是?前运?最?泛的两种标记定量蛋?质组技术，具有相似的原理。两主要区别在于：TMT最?可同时标记16组不同的?物样品，iTRAQ最?可同时标记8组不同的?物样品。
A、使?不同的标记试剂对不?的样本进?标记，使肽段上带上不同的标签，但是总质量保持?致，因此不同样本中的同?肽段的理化性质是?致的，在同?个保留时间流出。
B、在?级质谱中，标记试剂和肽段间的化学键发?断裂，报告离?峰被质谱采集到，报告离?的峰?积即能反映出某肽段在当前样本的含量，因此通过?较不同报告离?的峰?积就能找到某个肽段在不?样本中的表达差异。
Thermo Scientific串联质谱标签试剂Tandem Mass Tag（TMT）reagents），专为通过串联质谱（MS）对不同样品中的蛋?质进?鉴定和定量?设计。?组标签试剂?的所有标签，均带有相同的质量（例如：同质），化学结构则由?个胺反应性的NHS酯基团，间隔臂（质量调整区）和质量报告基团（图1）组成。
相对和绝对定量同位素标记（isobaric tags for relative and absolute quantitation，iTRAQ）技术是美国应??物系统公司与2004年推出的?种蛋?组定量分析技术。iTRAQ包括三部分：报告基团（reporter group），平衡基团（balance group），肽反应基团（peptide reactive group）。报告基团（reporter group）：质量分别为113.1Da、114.1Da、115.1Da、116.1Da、117.1Da、118.1Da、119.1Da、121.1Da。平衡基团（balance group）：质量分别为192Da、191Da、190Da、189Da、188Da、187Da、186Da、184Da，使得四种iTRAQ试剂报告基团和平衡分?的总分?量均为305.1Da，?论使?哪种iTRAQ试剂，不同同位素标记同?肽段后在?级质谱中，分?量完全相同，呈现的都是同?峰值。肽反应基团（peptidereactive group）：将reporter group与肽N端及赖氨酸侧链连接，从?将报告基团和平衡基团标记到肽段上，?乎可以标记样本中所有蛋?质。
蛋?质?标记定量技术（Label-Free）是?需使?同位素标签的，只需分析?规模鉴定蛋?质时所产?的质谱数据，?较不同样品中相应肽段的信号强度，从?对肽段对应的蛋?质进?相对定量。Label-Free的技术优势就在于蛋?质不需要进?标记，所需 样品总量少 ，耗费低。?样本数量限制 ，但是建议多次（三次以上） 重复。
