?先是质谱原理的原因，因为数据采集是DDA的模式即数据依赖性采集：是丰度排名在前20的肽段进行?级碎裂，所以鉴定到的肽段均是丰度?较高的。
丰度?蛋?酶解后的多肽，在每个保留时间都有分布，因此?部分时间点，都被?丰度蛋?的?丰度肽段占据，质谱花费?量时间在采集?丰度蛋?的肽段信息，?没有机会采集低丰度蛋?信息，因此导致鉴定的蛋?数量偏少。
?丰度蛋?会有影响鉴定数量，?丰度的蛋?会不断被采集，而低丰度蛋?被检测的机会降低，因此需要在前处理时将高丰度蛋白尽量多的去除掉。
①Bradford法。其原理为，蛋白质与染料考?斯亮蓝G-250结合，使得染料最?吸收峰从465nm变为595nm，在?定的线性范围内，反应液595nm处吸光度的变化量与反应蛋?量成正比，测定595nm处吸光度的增加即可进?蛋?定量。能耐受较高的还原剂，例如DTT可达5mM，但是不能耐受去垢剂如SDS要低于0.1%，去垢剂会严重影响定量结果。
②BCA法。其原理为，在碱性环境下，蛋?与Cu2+络合并将Cu2+还原成Cu1+（biuret reaction）。BCA与Cu1+结合形成稳定的蓝紫?复合物，在562nM处有?的光吸收值并与蛋?质浓度成正比，据此可测定蛋?质浓度。能耐受较高的去垢剂，比如SDS能达到4%，但是不能耐受还原剂，DTT必须在0.2mM以下。
因此如何选择定量?法主要依据蛋白溶液成分，通过稀释样本等?式使溶液成分都在定量?法的耐受范围内。
8M urea 50m M tris-HCl，蛋?酶抑制剂。
坚硬组织（树?、?发、老化皮肤、骨组织、指甲、昆虫壳组织、贝壳、钙化组织）；含?丰度蛋?的体液（血液、尿液、唾液、脑脊髓液、卵泡液、细胞或菌类培养基上清）；含?丰度蛋?的组织或细胞（卵细胞、肌肉组织、肌细胞相关组织、种?）；蛋?较少的组织或细胞（动物精?细胞、老化叶?、植物茎、果肉）；微?物、藻类（细菌真菌通常覆盖度60%或以上）。
简单样本：细胞实验蛋白，?少3次?物学重复。
复杂样本：考虑到个体差异及后期组间统计学分析，简单样本如植物、动物模型每组5个以上?物学重复，最少保证3个。复杂样本如（?的?液或组织样本），由于个体特异性高，建议每组30个以上样 本，最少保证10个生物学重复。如果临床样本实验?的为biomaker寻找，且经费有限，推荐进?混样。
统计学要求两组?较的话，至少三重复才能计算出P Value，才能知晓是否具有显著差异性；为了提升数据质量、结果产出及顺利投稿，必须注意?物学重复问题。
