DIA的全扫描?式获得的数据过于复杂，其每张二级谱图中混合了来?于多个一级信号的信息，通常难以直接进?理论库匹配。?般需要先构建图谱library，然后利?该library对DIA数据进行?效、准确地解析。目前spectronaut14版本?持DIA数据直接搜库，检出数据相对较少，最佳实验策略仍然推荐建立DDA数据库 后再进?DIA分析。
DIA是?种全扫描技术，是将质谱整个全扫描范围分为若干个窗?，高速、循环地对每个窗?中所有离?进?选择、碎裂及检测，从?无遗漏、?差异地获得样本中所有离?的全部碎?信息。因此DIA在获得更?覆盖度信息的前提下，还尽可能减少?丰度蛋白对质谱扫描的影响。
western blot检测是将?的蛋?质信号放?很多级之后进行检测的，灵敏度很?，（除?特异性结合之外）专?性强，特异性检测?标蛋?，几乎不受复杂样品中背景蛋?质丰度的影响。对于纯蛋?质样品 ，质谱检测的灵敏度达fmol水平。但在复杂样品中，质谱不是专?性检测的，而是选择样品中丰度较?的蛋?质优先检测，?丰度较低的蛋?质则因为肽段信号过弱被淹没?不能被检测到。因此，如果样品中待检测的?标蛋?质丰度较低（或者蛋白质分?量较小），即使WB能够检测到，质谱并不?定能检测到。
可以从以下?个??考虑：
A、选择验证的?标是否合理，实验是否具有重复性和可靠性；
B、蛋?修饰?平的验证是否具有时效性；
不同阶段如基因?平到蛋?质?平的验证可能会有表达差异；?规模数据的筛选会存在?定的假阳性。
验证?法很多，如Western blot、ELISA、PRM(平?反应监测)，该?法是基于靶向的蛋?质组学，研究特定蛋?的表达变化。也可以?代谢组学，基因组学等多组学互相验证。
?规模的组学数据需要后期具体的验证实验，以?持组学数据和结论的可信度、说服力，也可以进?步提供?章发表的档次。可以从如下?个??进?选择：
a)研究相关的?献报道，已知与该研究课题密切相关的蛋?质进行进?步的研究；
b)优先挑选蛋?质组学定量差异倍数较?的蛋?进?研究；
c)挑选鉴定到的差异蛋?中unique peptide数量相对多的蛋?进?研究（unique peptide数量越多，可信度越?）；
d)挑选组间平行性好的，表达趋势?致的蛋?进?进?步研究（趋势越?致，说明蛋?变化越可信）；
e)结合功能分析或通路分析（?物信息学的分析范畴），筛选得到的有意义的蛋?进?研究。
不可以，有如下几个原因：
iTRAQ实验结果使?的是Proteome Discoverer软件搜库，该软件的算法分析对于极?和极?值均会赋值；
A.对于蛋?的定量，软件采?的是肽段?平合并检测，很难排除其他相似离子干扰；
B.少量?定量值的蛋?可能是没有检测到唯?肽段，或者是报告离子峰太低，并不能说明没有该蛋白。
