打开kegg pathway
通路网址http://www.kegg.jp/kegg/pathway.html，寻找??感兴趣的通路，找到?类中的某些通路后，然后在我们的KEGG富集结果中搜索通路编号。（例：map04213通路是Longevity
regulating pathway），点开相应?较对的??版展?结果，点击相应通路详细查看。
?先unique peptide在不同情况下有两种不同的含义：?种情况指?于定性的unique peptide，第?种情况则是指?于定量的unique peptide。
定性的unique peptide的数量≥定量的unique peptide数量。
简单来说，肯定是检测到的蛋?质的（定性）unique peptide越多，蛋?质可信度越?。早些年的发表?章?般会认为unique peptide≥2的数据是可信的蛋?质定性数据。但是随着现在质谱仪精度和分辨率的提?，对应?精度质谱仪(如Q-Exactive，AB5600等等)产?的数据，像MCP或者JPR这类蛋?质组学领域最好的杂志，也明确表?认可unique peptide=1且对应图谱质量较?的数据，只是根据杂志的不同要求需要提交不同格式的图谱数据。如MCP要求最?，需要提交质谱原始?件，查库结果?件，而且需要通过专?的软件提交（如Pride,ProteomeXchange）；JPR要求相对MCP低些，?般提供?章或附件列表中出现的所有鉴定差异蛋?质的unique peptide=1的肽段图谱即可。
另???，对于定量unique peptide的数量，?章?般都没有要求。可以理解的是，对于只有?段肽定量?个蛋?质的情况，蛋?质定量结果的准确性和可靠性会相对较低。通常情况下，通过设置?物学或者技术重复实验，根据蛋?质定量数据的平均值和统计学p value值可以获得准确度和可信度较?的蛋?质定量结果。纯粹的?次质谱?为则不能反映其定量准确性。
UniPort数据库是动态更新的，其中存在的?些重复、冗余、有误的数据会被不断地纠正和删除。标注为Obsolete的蛋白质，?般是通过测序结果直接翻译?来，先存放在TrEMBL里，注释信息不全，甚?这个蛋?是否存在也不确定。经过人工校验和注解后，?部分不存在的蛋?质会被删除，状态显?为Obsolete（如F1MYU3这个蛋? 已经从数据库中删除了），?部分经过注释后会被移到SwisspProt，或者这个蛋?质已经在数据库中存在了，就和已存在的合并，显?为Replaced。这些蛋?质可以通过对应??中的“history…”追踪到数据库中该蛋?质信息的更新过程。
这种情况是可能存在的，许多断裂基因在其转录本剪接中，通过不同的剪接?式从?个基因产?多种不同的多肽或蛋?质。生物体通过这种选择性剪接(alternative splicing)来调控基因的表达，产?不同的蛋?质以适应不同的环境需要。例如：?类2万个基因，编码20万个蛋? 。
不同数据库有不同的命名方式及特征，现在较常用的UniProt数据库（www.uniprot.org）的命名格式如下：
tr|W6NF68|W6NF68_HAECO DNA RNA he licase domain containing protein OS=Haemonchus contortus GN=HCO I _01691200 PE=4 SV=1，代表的意义为tr=TrEMBL（UniProtKB中包含两类数据库：Swiss-Prot，which is manually annotated and reviewed；TrEMBL，which is automatically annotated and is not reviewed.），W6NF68为蛋?质登录号，HAECO DNA RNA helicase domain containing protein 为蛋?质名称及其描述 ，OS= Organism Name（物种名称），GN=Gene Name(基因名称)，PE=Protein Existence ，SV=Sequence Version。 In UniProtKB there are 5 types of evidence for the existence of a protein:
1. Experimental evidence at protein level
2. Experimental evidence at transcript level
3. Protein inferred from homology
4. Protein predicted
5. Protein uncertain
我们在蛋?数据库鉴定蛋?以及GO、COG、KEGG等注释蛋?都是根据其蛋?序列?对的结果。要查 看其他信息，打开Uniprot?站，输?该蛋?ID，即可看到该蛋?的名称，特性，涉及通路等信息。其他数据库的可以NR注释。
质谱定量与western定量原理本?不同，所以最终鉴定结果有差异是属于正常现象；另外对于丰度较低的蛋白，质谱鉴定的灵敏度会降低，容易出现偏差；另外TMT产品属于标记定量，对不同样本间蛋?的差异会有?定压缩，所以差异不?的两个样本，如果采?TMT可能就会表现出?乎?差异；这也是为何发?章时为了增加数据的可靠性，都会增加实验验证的原因。
