这是学术性的问题，不是技术的问题。基因在RNA层次和protein层次表达的不?致性是?个公认的事实，通常较好的相关性只有?0.5左右，即RNA和protein往往是两个不?样的概念。引起RNA和protein差异的原因很多，比如miRNA、lincRNA、circle RNA和E3 ligase等等。
样本组别之间的差异蛋?质（fold change>1.2）数量多少主要与样本本?的?物学差异大小有关。?般如正常组织和病理组织之间的样本差异?较显著，得到的差异蛋?质数量较多（?般差异蛋?质数量占蛋?质鉴定总数的10%左右）。然而，病理组和药物处理组之间的样本差异则不?定显著，如药物是否有效、药物处理浓度是否合适 、取样时间是否恰当等因素都可能导致差异蛋?质数量较少。
如果仅按照fold change>1.2筛选得到蛋?质数量并不少，但是通过p value<0.05再做进?步筛选后得到的差异蛋?质数量显著减少，则主要是由组内样本的?物学个体变异较?造成的。该情况下 可考虑剔除组内样本重复检测数据中波动较?的个别数据。
同时满足统计学分析和差异倍数过滤标准，如fold change>1.2以及显著性分析p value<0.05。如果这样筛选的差异数据非常多，则可提高筛选标准，如fold change>1.5甚?>2或者p value<0.01等。
参考?献：
Moulder R, Lon nberg T, et al. Quantitative proteo mics analysis of the nuclear fraction of human CD4+ cells in the early phases of IL-4-induced Th2 differentiation.Mol Cell Proteomics. 2010; 9(9): 1937-1953.（fold change>1.2and p value<0.05）。
覆盖度不能代表可信度，只要肽段的匹配鉴定是可信的，即使蛋白的覆盖率不?，这个蛋?的鉴定结果也是可信的，可以通过提高蛋白纯度来提高蛋?覆盖率。
?两次质谱实验?法做到绝对的有或?的鉴定，有很多原因造成某个蛋?不检出，?如丰度较低，质谱采集的随机性等等，经过质谱广泛鉴定实验可以初步指?可能存在的有或无的蛋?差异可能性，后期需要多次质谱实验以及靶向质谱实验验证有或?的确定性。
?般的定量蛋?质组学实验都是以共有蛋?为前提的，挑选不同样本间的差异表达蛋?。
数据库质量不好通常是鉴定数量较少的主要原因。如数据库不好（通常是数据库收录的蛋?质序列较少），可考虑更换在进化树上同源性较近的、研究比较清楚的、基因组数据库相对完整的模式物种的数据库重新搜库。根据样品SDS-PAGE图，判断样本本?的蛋?质条带丰富程度，是否样本蛋?质条带较少，或者是样本有降解。
根据SDS-PAGE图判断样品中是否存在高丰度蛋?质，?丰度蛋白质会影响样本整体蛋?质鉴定数量。
本公司开展的实验?般采用商业化软件Proteome Discoverer(Thermo Scientific)进?蛋?质定性和定量分析，蛋白质定性筛选标准为peptide FDR≤0.01。FDR是通过检索?标数据库（Target database）和Decoy库（Decoy库由Proteome Discoverer 软件?动创建）后，根据得到的匹配图谱数量计算得来。设置该软件中的“High Confidence Filter Settings”高可信度过滤参数即可得到符合FDR≤0.01的数据。FDR≤0.01为公认的数据筛选标准，我们提供的报告中的数据均已经通过FDR≤0.01标准筛选，因此均是可信数据。
